反渗透 (RO) 系统的行为类似于锅炉或冷却塔，因为它们会使补给水中的溶解盐变得更加浓缩。当纯水渗透 RO 膜时，盐分留在浓缩水流中。如果超过任何特定盐的溶解度，则存在盐直接在膜表面或可能在通过膜元件的流动通道内形成水垢的可能性。
这种水垢的形成首先发生在 RO 系统的尾端，在水以浓缩液流出系统之前流经的最后一个元件内。水垢会导致 RO 系统需要增加压力才能达到相同的渗透流量，并且在系统的尾端渗透电导率可能会增加。恢复性能需要用酸性溶液清洗，尽管膜清洗只对某些类型的水垢有效。它不太可能对二氧化硅垢或大多数硫酸盐完全有效。如果清洗不能恢复性能，更换膜成为恢复损失的反渗透性能的唯一选择。
对于大多数水源而言，防止水垢形成不一定是一项艰巨的挑战。通常可以通过将以下三个选项中的一个或多个应用于 RO 进料流来实现：
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注酸
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软化水
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注入阻垢剂
